小智一行人乘船环游橘子群岛，今天海上天气很好。
我们把神奇宝贝们都放出来吧
到下一个岛还有时间放松一下
大家都出来吧
乘龙、暴鲤龙、哥达鸭、美纳斯都在水里游泳，飞天螳螂和火焰鸡、鬼斯通都在船上。
小霞和小建也放出来了神奇宝贝，训练家和神奇宝贝一起享受着海上旅行
后面火箭队也紧跟不舍
前面突然有暴风雨，海面上突然波涛汹涌船身难以稳定，几人收回所有神奇宝贝船只能被海浪给卷走。
船被海浪带到亚西亚岛，橘子群岛海域的终点
在真新镇大木博士骑车路过小智家和花子打招呼。
花子:“小智，昨天和您打电话吗？”
大木博士:“没错，他说让它们去亚西亚岛，没说是什么原因。
这时突然下起雨和雪极光也出现了
大自然发生了什么？
皮卡丘站在船头小智一行人下船还以为已经没事了。
这时一群戴着面具的人过来
这不是小美吗？
原来是小优啊
我们多久不见了？
算起来已经有5年了
小霞和小建才知道是因为祭典，小智则是担忧果然事情已经发生了。
这时一个打扮潮流，戴着墨镜的女孩儿出现，她是小优的妹妹芙芦拉是这时祭奠的女巫负责吹笛子
这位是神奇宝贝训练家小智
神奇宝贝训练家？这时众人欢呼起来，一个老者说传说中跟着世界毁灭，海之神出现并与优秀的控制者一起平息诸神的愤怒，控制者也就是神奇宝贝训练家。
也许是吧
你是神奇宝贝训练家呀？算了，按照习俗。说完芙芦拉亲了小智的脸
小霞是不高兴了
你不是他女朋友吗？
是的
“不用在意，只是习俗。”芙芦拉说话时有些尴尬
小智有些尴尬地摸摸脸颊，这是别人的习俗而已不用这么在意。
一路上，小智发现岛上的人们都对他投来敬畏的目光，这让他感到有些不自在(这种时候还害羞上了)
晚上岛上的人都在欢呼享受着祭典，岛上的每一个人都非常高兴。
小智一行和岛上的其他人分成好几桌在吃饭，每个人聊的都很开心
我是他女朋友怎么了， 说我没品味
小智把手放到小霞肩膀上满脸笑意地说:“这次是你吃醋了”
小霞脸红道:“没有！”
这时一道优美的笛声传过来，众人闻声而看却发现是芙芦拉换了身衣服在吹奏。
这音乐真好听
小霞掐了小智的手臂
生气的话就不可爱了
其他人听着都很陶醉，演奏结束芙芦拉又当着众人的面讲起那个传说。
小智大人，如果你真的是那个控制者的话， 请给我们看证据吧
可还没讲清楚你们要什么证据？(旁边小霞要是真的生气的话，我可无法承受她的怒火)
不用这么在意，这只是惯例随便应付一下就好了，每年都是这样。
芙芦拉！
只要拿到海上三个岛的三个宝物，然后再放到本岛的祭坛上，我向众神追逐奉献之笛，这么一吹就结束了。
宝物就在三个神社里，要上岛有船，要去神社有楼梯。
我知道了，还真想看看能不能现在就去(神兽打架凡人遭殃根本等不起)
会不会太急了？
小霞，你也跟我去吧
这点小事你去就行了，反正你的实力我很放心，只是小心风暴就行了
小智捏着小霞脸道:“不生气了？”
因为我仔细想了想，上次你都没生我的气，我为什么生气。
小建笑着看他们
把他们接到后，小智和皮卡丘一起前往，船疾驰而行，似乎撞到什么但也没在意。
天空电闪雷鸣下起大雨海浪变得更加波涛汹涌，似乎是灾难发生前的预兆。
单纯取宝物不难，但遇到这种风暴太困难了，姐姐船借我，因为惯例让别人泄露危险太过分了我必须承担责任。
芙芦拉、小霞和小建一起前往
“怎么了，你不是很放心他的实力吗？芙芦拉问道
小霞:“他平常是很沉着冷静，但遇到大的危机肯定不顾自身所以我还是要跟着。”
小建:“我也不会自己待在安全的地方，让你们去涉险。”
小霞他们坐在船上前往小岛
天空基地内
“到现在为止三种力量取得平衡，其中一个被我拿走了，缺失的部分会有其他的来弥补。”一个大叔微笑说道
一声机械音传来告知那个大叔，闪电鸟正在向火之岛移动。
电视机里放着天气突然发生异常，被认为是深层海流发生异变所引起的。
深层海流就发生异变中心在橘子群岛
“看来小智是知道会有事情发生，所以才让它们前去的，希望在事态还没发生地更严重之前它们能及时赶到。”大木博士说道
花子:“它们和小智一样都是不缺少骨气的孩子，但小智要是做起事不顾自身的话…”
“博士有电话打来。”信介提醒道
我是橘子群岛的内木，橘子群岛的神奇宝贝发生异变。
海面上小智和船长前往火之岛
天放晴了，但海面还是。这时一个接着一个大浪袭来船根本稳定不了，摇摇晃晃中船来到小岛。
神社在上面，皮卡丘我们走。
这种天气还是不要乱动比较好
放心，我们会没事的
这时芙芦拉开着船载着小霞和小建也前往火之岛，芙芦拉开船技术不错色彩使旅程有惊无险，藏在后面的火箭队倒因为船翻了一个跟头抓着布先去火之岛了。
海浪袭来，船长出去查看发现小霞他们也来了并告知小智已经去神社了
芙芦拉升起船帆借着大风沿着楼梯一直往上走，速度倒是快了很多。
火焰鸟就算你喊破喉咙也不会有人来救你的，很快闪电鸟它们也会成为我的收藏品。大叔得意洋洋道
小智和皮卡丘去拿宝物跑着楼梯，终于在雕塑的嘴里拿出了宝物，拿在手里反正就是一颗红色的宝珠
这时火箭队出现
小智没空陪他们玩，指挥皮卡丘用十万伏特把他们打到天上成为星星。
这时芙芦拉他们过来
小智这么危险的时候，你干嘛过来？
听我解释，传说已经在一步步验证了，有神职的火焰鸟被抓走了。
是谁动的手？
火箭队吗？
这时神职闪电鸟飞过来，似乎开启了电气场地周围变了色。
小智放出火焰鸟，虽然它知道力量悬殊但还是和神职闪电鸟发生争斗。
几个回合下来火焰鸟渐渐落入下风，这时三发龙之波动打在神职闪电鸟背上
吼~ 哇吼~呜呜~哗叼 呼滴~
喷火龙、化石翼龙、哈克龙、比雕，胡地(骑在比雕的背上)
小智你让他们来的？
事态紧急，只能联系大木博士让它们飞过来，怎么样及时吧
事情严重来不及思考他们也就信了
这时闪电鸟打败了火焰鸟
收回火焰鸟后，形态进化，心灵升华胡地超进化！光芒散去五只神奇宝贝包围闪电鸟，想让他冷静一点
但它还挺暴躁接连发射闪电，几只神奇宝贝连连躲避
皮卡丘用电尝试和闪电鸟沟通，小智运转波导之力也是如此
之后小智告诉几人:“这座岛的主人已经不在了，现在它是新的主人”
几人彻底意识到事情的严重性
这时天空基地突然降下
现正在吸收闪电鸟电流
“神奇宝贝的电力由生命的力量产生的人工之美。”大叔说道
闪电鸟已经虚弱了
大叔按下按钮发射捕捉装置
小智的神奇宝贝们一起发动攻击但奈何数量太多根本来不及，闪电鸟这时被抓住，小智一行人也是如此。
五只神奇宝贝面面相觑，然后看向天空基地露出担忧的神色。
海底某个存在正在快速移动
“非常抱歉在捕捉闪电鸟的时候抓到了多余的东西。”机械音响起说道
闪电鸟、火焰鸟都被抓住了
芙芦拉看着石碑，说着传说
你们是第一批没有收到邀请函就来到这里的人，看这都是我的收藏品。大叔说道
“要收服神奇宝贝，为什么不用神奇宝贝球？你这样是侮辱它们。”小霞说道
我不是训练家而是收藏家。看到急冻鸟的消息，大叔又离开
急冻鸟一直在用急冻光线过之处皆被冰封，这时天空也下起大雪
橘子群岛的神奇宝贝都在朝亚西亚岛方向移动，水系的渡海飞行系的在天上飞，而没有渡海能力的都在离的最近的陆地上。
大木博士用科学的角度分析着，得出结论是某种平衡被打破了。
大叔用火攻击急冻鸟，属性不利急冻鸟暂避锋芒，海里的存在已经采取行动。