明神宗长子朱常洛的生母王氏原本是一普通宫女，在慈宁宫侍奉慈圣太后（明神宗生母）。有一天，明神宗来到慈宁宫向母亲请安，刚好太后不在，神宗正要离开时，发现了清秀可人的王氏，于是私下临幸。按照宫中规矩，皇帝临幸宫女，应该赐一物件给对方，作为临幸的凭证。但明神宗认为王氏是母亲宫中的宫女，私下临幸是一件不光彩的事情，所以没有给王氏任何信物，自顾自地去了。谁知道这片刻风流后，王氏竟然怀上了龙种。慈安太后本人也是宫女出身，知道此事后不但没有为难王氏，还十分高兴地召来明神宗询问究竟。但出人意料的是，明神宗竟然矢口否认曾经私幸过王氏。只是这否认没有什么效果，皇帝的日常起居包括性生活都有专人记录，明神宗临幸王氏的事早就被记录在《内起居注》中。实在无可抵赖了，明神宗才红着脸默认了。
明神宗对王宫女的临幸只是一时兴起，并不当真，新鲜劲儿一过，便不想负责任，因此他对王氏都没有什么感情。慈安太后却是一位贤后，让儿子立王氏为恭妃，并且告诉儿子说：“我已经年纪大了，但还没有尝过抱孙子的滋味，如果王恭妃生个男孩，这是宗社的福气，母以子贵，可不能计较原先的贵贱啊！”
十月怀胎后，王氏生下了明神宗的第一个儿子朱常洛。王宫人虽然被立为恭妃，但皇长子朱常洛一直没有被立为太子。
万历十四年正月，宠冠后宫的郑妃生下一子，取名朱常洵。郑妃聪明机灵，明神宗与她情深意笃，一直保持终生。由于皇帝对郑妃言听计从，在很长的一段时间内，她一直是一个朝野注目的人物，并招致了几乎所有人的唾骂。
因为郑妃是皇帝的心尖，生了儿子后，明神宗立即晋封郑妃为贵妃。大学士申时行等，认为皇长子朱常洛年已五岁，生母恭妃一直未闻加封，但郑妃甫生皇子，即晋封册，显见得是郑妃专宠。大学士们担心将来定有废长立幼的事情，于是上疏请册立东宫，有“祖宗朝立皇太子，英宗以二岁，孝宗以六岁，武宗以一岁，成宪具在”之语。但明神宗在郑贵妃的怂恿下，总想借机立朱常洵为太子，于是就想出了种种办法拖延，但遭到大臣们的极力反对。当时太子又叫国本，因此，皇帝与大臣间的这次斗争又称为“国本之争”。大臣力争，要立朱常洛为太子，明神宗一拖再拖，大臣再争，争了十五年，使得宫廷斗争变得错综复杂。
第一次“妖书案”便是在这期间发生的。
万历十八年（1590年），著名大儒吕坤担任山西按察使，在职期间，他采辑了历史上贤妇烈女的事迹，著成《闺范图说》一书。宦官陈矩（后来执掌东厂，参与审理第二次“妖书案”）出宫时看到了这本书，买了一本带回宫中。郑贵妃看到之后，想借此书来抬高自己的地位，于是命人增补了十二人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃本人终篇，并亲自加作了一篇序文。之后，郑贵妃指使伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻了新版的《闺范图说》。
实际上，尽管第二版的《闺范图说》与第一版有许多相同之处，但出书人的初衷却有本质的区别，但逐渐有人开始将两版书混为一谈。
万历二十六年（1598年）五月，担任刑部侍郎的吕坤上《天下安危疏》（《忧危疏》），请明神宗节省费用，停止横征暴敛，以安定天下。吏科给事中戴士衡借此事大作文章，上疏弹劾吕坤，说他先写了一本《闺范图说》，然后又上《安危疏》，是“机深志险，包藏祸心”，“潜进《闺范图说》，结纳宫闱”，逢迎郑贵妃。吕坤平白无故地蒙受了不白之冤，立即上疏为自己辩护，说：“先是，万历十八年臣为按察使时，刻《闺范》四册，明女教也。后来翻刻渐多，流布渐广，臣安敢逆知其传之所必至哉？伏乞皇上洞察缘因《闺范图说》之刻果否由臣假托，仍乞敕下九卿科道将臣所刻《闺范》与（郑）承恩所刻《闺范图说》一一检查，有无包藏祸心？”
吕坤确实比较冤枉，他原来的书被人改头换面，本来就与他无关，而还说他自己偷偷送进宫里，企图“结纳宫闱”，更是莫名其妙的罪名。因为整个事情牵涉到郑贵妃，明神宗装聋作哑，没有理睬。
不料平地再起风云，一个自称“燕山朱东吉”的人专门为《闺范图说》写了一篇跋文，名字叫《忧危竑议》，以传单的形式在京师广为流传。“朱东吉”的意思是朱家天子的东宫太子一定太吉。“忧危竑议”四字的意思是：在吕坤所上的《忧危疏》的基础上竑大其说，因为《忧危疏》中没有提到立太子的问题。文中采用问答体形式，专门议论历代嫡庶废立事件，影射“国本”问题，大概意思是说，《闺范图说》中首载汉明德马后，马后由贵人进中宫，吕坤此意其实是想讨好郑贵妃，而郑贵妃重刊此书，实质上是为自己的儿子夺取太子位埋下的伏笔。又说：吕坤疏言天下忧危，无事不言，惟独不及立皇太子事，用意不言自明。又称吕坤与外戚郑承恩、户部侍郎张养蒙，山西巡抚魏允贞等九人结党，依附郑贵妃。
此文（即所谓的“妖书”）一出，立即引起了轩然大波。人们不明所以，纷纷责怪书的原作者吕坤。吕坤忧惧不堪，借病致仕回家。
明神宗看到《忧危竑议》后，大为恼怒，可又不好大张旗鼓地追查作者。郑贵妃伯父郑承恩因为在《忧危竑议》中被指名道姓，也大为紧张，便怀疑《忧危竑议》为戴士衡和全椒知县樊玉衡所写。在戴士衡上疏之前，全椒知县樊玉衡曾上疏请立皇长子为皇太子，并指斥郑贵妃。
明神宗也不想把事情闹大，便亲下谕旨，说明《闺范》一书是他赐给郑贵妃的，因为书中大略与《女鉴》一书主旨相仿佛，以备朝夕阅览。又下令逮捕樊玉衡和戴士衡，经过严刑拷掠后，以“结党造书，妄指宫禁，干扰大典，惑世诬人”的罪名分别谪戍广东雷州和廉州。而吕坤因为已经患病致仕，置之不问。
吕坤之后再也没有步入仕途，闭门著述讲学，二十年后谢世。著名的《呻吟语》便是其作品。
戴士衡于万历四十五年（1617年）死于廉州。
明光宗即位后，起用樊玉衡为南京刑部主事，不过为樊玉衡推辞。
第一次“妖书案”，由于明神宗故意轻描淡写地处理，所以并未引起政坛的震动。至于谁是《忧危竑议》的真正作者，始终没有人知道。而六年后的第二次“妖书案”就非同一般了，其曲折离奇之处，令人匪夷所思。
在正式讲第二次“妖书案”前，先继续讲“国本之争”。明神宗迟迟不立长子朱常洛为太子，自然是想立郑贵妃之子朱常洵。但封建皇朝对嫡长制看得很重，太子必须立嫡（皇后所生之子称嫡），无嫡立长，在皇帝无子的情况下，可以兄终弟及。
当时明神宗皇后还在世，为了能够名正言顺地立郑贵妃之子朱常洵为太子，唯一的办法就是等到原配皇后死了，扶郑贵妃为皇后，这样朱常洵的身份就变成了“嫡子”，名份超越了朱常洛的“长子”。基于这样的考虑，明神宗在立太子的问题上采取了“拖”的态度，一直要拖到郑贵妃当皇后为止。为了郑贵妃，明神宗几乎得罪了所有的人，但他却不敢在败坏祖制这条路上走得太远。然而，天不遂人愿，偏偏明神宗皇后迟迟不死，不仅如此，还对王恭妃所生的皇长子朱常洛十分爱护。
明神宗一拖再拖，大臣们自然不同意，上疏者前赴后继，但都没有起到任何效果。到了万历二十九年，明神宗到到慈圣太后那里问安，这位老太后不满意地问明神宗为什么迟迟不立太子。可能是老太后威风犹在的缘故，也可能明神宗对太后的问题事先没有准备，惊惶之下竟然说了一句关键的错话：“他（指儿子朱常洛）是都人（明朝皇宫内称呼宫人为都人）之子。”意思是说朱常洛出身卑贱。但明神宗显然是鬼迷心窍，他忘记了他母亲也是都人出身。当慈圣太后怒气冲冲地指着他说“你也是都人的儿子”时，明神宗这才醒悟过来，然后惊恐地“伏地不敢起”了。
这件事后，转眼到了八月，内阁大学士沈一贯上了一疏，竟然立竿见影地收到了奇效。奏疏中用“多子多孙”劝明神宗早立太子，终于打动了皇帝，下诏即日举行册立太子礼。这太子的人选，自然是指长子朱常洛。
朝野上下，闻讯而欢声雷动。但郑贵妃却坐不住了，为此跟明神宗大闹了一场，明神宗又开始动摇，以“典礼未备”为由，要改期册立太子。在关键时刻，沈一贯起了相当关键的作用，他将明神宗的手诏封还，坚决不同意改期。在这样的情况下，明神宗总算下了决心，于十月十五正式册立皇长子常洛为太子，朱常洵被封为福王。这位福王，就是后来在明末被农民起义军杀死后剁成肉酱的那位。
朱常洛虽然当上了太子，但其实日子并不好过。明神宗不大喜欢他，郑贵妃也对太子位虎视眈眈，随时想“易储”。
万历三十一年（1603年）十一月十一日清早，内阁大学士朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。不仅朱赓收到了这份传单似的东西，之前一夜，已经在京师广为散布，上至宫门，下至街巷，到处都有。《续忧危竑议》假托“郑福成”为问答。所谓“郑福成”，意即郑贵妃之子福王朱常洵当成。书中说：皇上立皇长子为皇太子实出于不得已，他日必当更易；用朱赓为内阁大臣，是因“赓”与“更”同音，寓更易之意。此书大概只有三百来字，但内容却如同重镑炸弹，在京城中掀起了轩然大波。时人以此书“词极诡妄”，故皆称其为“妖书”。
明神宗得知后，大为震怒，下令东厂、锦衣卫以及五城巡捕衙门立即搜捕，“务得造书主名”，第二次“妖书案”由此而起。
《续忧危竑议》中，指名道姓地攻击了内阁大学士朱赓和首辅沈一贯，说二人是郑贵妃的帮凶。这二人大惊失色，除了立即上疏为自己辩护外，为了避嫌，不得不带罪在家。沈一贯老谋深算，为了化被动为主动，便指使给事中钱梦皋上疏，诬陷礼部右侍郎郭正域和另外一名内阁大学士沈鲤与“妖书案”有关。
之所以要诬陷沈鲤，除了因为沈鲤与沈一贯一直不和外，还因为当时内阁只有三人首辅沈一贯、次辅朱赓，以及沈鲤，沈一贯和朱赓均被“妖书”点名，只有沈鲤一个人榜上无名，独自主持内阁工作，自然，人们会理所当然地怀疑他。
而诬陷郭正域，一是因为郭正域之前与沈一贯因为楚王一事闹得很不愉快，二是同知胡化告发妖书出教官阮明卿之手，而阮明卿就是给事中钱梦皋的女婿。钱梦皋为了替女婿脱罪，需要找个替罪羊。郭正域不但是沈鲤的门生，而且是胡化的同乡，加上当时已经被罢官，即将离开京师，很有“发泄私愤”的“嫌疑”。
总而言之，沈一贯和钱梦皋联合起来诬陷沈鲤和郭正域，不过是挟嫌报复，但却由此引发一场大狱。
郭正域正要离开京师时被捕。巡城御史康丕扬在搜查沈鲤住宅时，又牵扯出名僧达观（即著名的紫柏大师）和医生沈令誉。达观和沈令誉都受到了严刑拷打，达观更是被拷打致死，但二人都未能如沈一贯所愿，牵扯出郭正域等人。
这里好重点讲一下东厂、锦衣卫和三法司（刑部、都察院、大理寺）的会审。为了让沈令誉服罪，事先做了不少布置。沈令誉奶妈的女儿只有十岁，也被叫到大堂作证。东厂提督陈矩（之前带吕坤《闺范图说》入宫的那位）问那小女孩：看到印刷妖书的印版有几块。那小女孩说：满满一屋子。陈矩听了忍不住大笑。《续忧危竑议》只有短短三百来字，顶多也就两张纸，哪来的一屋子印版。沈令誉的冤屈显而易见，由此对郭正域和沈鲤的诬陷自然也不能成立。
这个时候，有些人纷纷出来检举揭发，锦衣卫都督王之祯等四人揭发同僚周嘉庆与妖书有关，但不久就查明纯属诬告。案情越来越复杂。参与审讯的官员得到沈一贯暗示，想逼迫之前诬陷钱梦皋女婿阮明卿的胡化承认郭正域是妖书的主谋。胡化却不肯附和，说：“（阮）明卿，我仇也，故讦之。（郭）正域举进士二十年不通问，何由同作妖书？”
因为郭正域曾经当过太子朱常洛的讲官（老师），朱常洛听说此事后，对近侍说：“何为欲杀我好讲官？”这话相当有深意，诸人闻之皆惧。为了营救老师，朱常洛还特意派人带话给东厂提督陈矩，让他手下留情。陈矩为人精明，尽管太子地位不稳，但也决不会轻易开罪太子。加上没有任何证据证明郭正域跟“妖书案”有关，显而易见地是场大冤狱。后来正是由于陈矩的鼎力相助，郭正域才免遭陷害。
针对郭正域的审讯一连进行了五天，始终不能定案。明神宗震怒，下诏责问会审众官，众官惶惶不安。东厂、锦衣卫，包括京营巡捕，压力都相当大，京师人人自危，如此一来，必须要尽快找到一只替罪羊。
万历三十一年（1603年）十一月二十一日，妖书发现后整整十日，东厂捕获了一名形迹可疑的男子皦生彩，皦生彩揭发兄长皦生光与“妖书案”有关。
皦生光本是顺天府生员（明朝的生员不仅是官学生，还是一种“科名”），生性狡诈，专门以“刊刻打诈”为生。明人冯梦龙在《智囊全集》中记载了一则他的故事：有一乡绅为巴结朝中权贵，到处访求玉杯，想送给权贵做为寿礼，也曾托过皦生光。三天后，皦生光拿着一对玉杯求售，说这对玉杯来自官府，价值百金，现在只要五十金就行。缙绅很高兴的买下。没过几天，忽然卒吏匆忙的押着两个吵闹不休的人前来，再仔细瞧，原来是皦生光和一名宦官，皦生光皱着眉头说，前次卖给缙绅的玉杯本是皇宫中宝物，被宦官偷出变卖，现在事机败露，只有物归原处，双方才能平安无事。缙绅大为窘困，玉杯已送权贵无法索回，只好请皦生光想办法，皦生光面带为难色，过了许久才答应帮忙，他建议缙绅出钱贿赂宦官、衙门官员，或者能得以幸免。缙绅不得已，只有答应，于是拿出近千两银子。日后虽明知皦生光借机诈财，但也无可奈何。
不仅如此，皦生光还胆大包天地借“国本之争”讹诈过郑贵妃的兄弟郑国泰。当时有个叫包继志的富商为了附庸风雅，曾经委托皦生光代纂诗集。皦生光故意在诗集中放了一首五律，其中有“郑主乘黄屋”一句，暗示郑贵妃为自己的儿子夺取皇位。包继志根本不懂，便刊刻了诗集。皦生光立即托人讹诈包继志，说他诗集中有悖逆语。包继志情知上当，却也无可奈何，只好出钱了事。皦生光又拿着诗集去讹诈郑国泰，郑国泰胆小，加上朝野上下舆论都对郑贵妃不利，只好出钱了事。
皦生彩揭发声名不佳的兄长后，皦生光之前的事迹全部曝光，锦衣卫如获至宝，立即逮捕了皦生光，将其屈打成招。
事情到了这个地步，本来就可以结案了，主审的刑部尚书萧大亨为了讨好明神宗，还想把“妖书案”往郭正域身上引。但皦生光却表现出最后的骨气，在酷刑下始终没有牵连他人。他的妻妾和年仅十岁的儿子都受到了拷打，却都没有按萧大亨的意思招供。
尽管所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，就连急于结案的沈一贯、朱赓都不相信，他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能为，皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的能耐。但急于平息事端的明神宗还是匆匆结案，皦生光被凌迟处死，家属发配边疆充军。
皦生光死后，离奇的第二次“妖书案”就此而平，“妖书”的真正作者始终没有人知道。过了一段时间后，朝野开始流传“妖书”其实出于武英殿中书舍人赵士桢之手。
赵士桢是明朝历史上杰出的火器专家，一生研制改进了多种火器。因其在政治上不得志，名字未能如宋应星、徐光启那样彪炳史册。
赵士桢的一生，颇富传奇色彩。他早年是太学生，在京师游学。他能写一手好字，书法号称“骨腾肉飞，声施当世”，时人争相买他所题的诗扇。有个宦官也十分喜欢赵士桢的书法，买了一把诗扇带入宫中，结果被明神宗看见，大为赏识，赵士桢平步青云，以布衣身份被召入朝，任鸿胪寺主簿。鸿胪寺有点类似于国宾馆，日常职责是凡外国或少数民族的皇帝、使者，到京师朝见皇帝或进贡，按等级供给饮食及招待。
赵士桢为人慷慨有胆略，交游颇广。万历五年（1577年），张居正丧父，因贪恋权位不肯回家奔丧，发生了震惊朝野的“夺情”事件，五名大臣因此被廷杖。赵士桢不畏干连，予以调护，词翰声誉甚盛，号称“他途入仕”名士。不过，他因“生平甚好口讦，与公卿亦抗不为礼”，加上又因为制造火器得罪了不少人，一生并不得志，当了十八年鸿胪寺主簿才升为武英殿中书舍人，还经常受到怀疑、诽谤。皦生光被杀后，京中盛传妖书“是东嘉赵士桢所作也”。赵士桢为此而身心劳瘁，据说他已经精神错乱，甚至多次梦见皦生光索命，终于一病不起，抑郁病亡。
但赵士桢是妖书作者始终只是传说，并没有证据，真正的作者到底是谁，始终没有人知道。“妖书案”虽平，但其影响所及，却已远逾宫廷，遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息。</p>